⑴地质遗迹的基本状况不清，缺乏系统、完整、翔实的基础资料。

⑵地质遗迹保护区数量过少，数量仅相当于自然保护区总数的2%左右。许多有价值的地质遗迹尚未得到有效保护。

⑶地质遗迹破坏严重。一些重要古生物化石遗产地和重要价值的地质地貌景观遭到了不同程度的破坏，比较突出的如河南西峡恐龙蛋化石、广西的许多溶洞、黑龙江五大连池火山地质地貌景观等。

⑷管理机构不健全，管理不到位。

⑸缺少专项保护经费，严重制约了地质遗迹保护工作的开展。

⑹地质遗迹保护法规缺乏权威性并对现行法规宣传力度不够。

⑺地质遗迹保护工作对外交流不够，难与国际上的通行作法接轨。